Namd 2.9

Descrição

NAMD, ganhador do Prêmio Gordon Bell de 2002, é um código de dinâmica molecular paralelo projetado para simulação de alto desempenho de grandes sistemas biomoleculares.

Utilização

Abaixo, está um exemplo do conteúdo de um arquivo .srm voltado para utilização do Namd 2.9:

#!/bin/bash
#SBATCH -J Namd            # Nome do job
#SBATCH -p medium          # Fila (medium/long/gpu)
#SBATCH -n 24              # Numero de processos MPI (threads)


ulimit -s unlimited
ulimit -a

mpirun namd2 teste.conf

De acordo com o exemplo acima, o parâmetro “namd2” é o executável do Namd, o “teste.conf” é o arquivo de entrada.