NAMD, ganhador do Prêmio Gordon Bell de 2002, é um código de dinâmica molecular paralelo projetado para simulação de alto desempenho de grandes sistemas biomoleculares.
Este exemplo de execução do NAMD utiliza paralelização via OpenMPI, dessa forma, é recomendado que o arquivo .srm tenha os seguintes parâmetros para a submissão do job, substituindo:
entrada.conf
pelo nome do seu arquivo de entrada;saida.out
pelo nome do seu arquivo de saída;--ntasks=24
pela quantidade de cores utilizado (nesse exemplo 24).#!/bin/bash #SBATCH --job-name=NAMD # Nome do job #SBATCH --partition=medium # Fila (medium/long/gpu) #SBATCH --ntasks=24 # Número cores # Arquivo de entrada ARQINP="entrada.conf" # Arquivo de saída ARQOUT="saida.out" # Nó de execução echo "Nó(s) de Execução ${SLURM_JOB_NODELIST}" # Diretório de execução cd $SLURM_SUBMIT_DIR echo "Diretório de Execução: $SLURM_SUBMIT_DIR" echo "Entrada: $ARQINP" echo "Iniciando NAMD - " `date` mpirun -np ${SLURM_NTASKS} namd2 ${ARQINP} > ${ARQOUT} echo "Job Concluído - " `date`