Gromacs 5.0

Descrição

GROMACS é um pacote versátil para executar dinâmica molecular, ou seja, simular as equações de movimento newtonianas para sistemas com centenas a milhões de partículas.

Uso

A execução dos comandos da versão paralela do Gromacs se dá de forma semelhante à forma serial. O que muda na chamada do comando é a adição do termo “_mpi” no fim. Por exemplo, o comando mdrun passa a ser mdrun_mpi.

Caso o usuário queira confirmar se o comando que irá usar na execução realmente existe, basta digitar o começo do comando e apertar a tecla TAB duas vezes, assim comando disponível será mostrado.

O comando que vai ser utilizado deve ser inserido no arquivo .srm (arquivo de submissão) após a diretiva “srun –resv-ports“. Abaixo, está um exemplo do conteúdo de um arquivo .srm voltado para utilização Gromacs (versão paralela) :

#!/bin/bash
#SBATCH -J Gromacs
#SBATCH -p medium
#SBATCH -n 1

cd $SLURM_SUBMIT_DIR 
 
date
echo "-----------------------------------------"
ulimit -s unlimited
ulimit -a
echo "-----------------------------------------"
srun --resv-ports mdrun_mpi -s teste.tpr -v -deffnm teste -cpi teste.cpt -noappend
echo "-----------------------------------------"
date

De acordo com o exemplo acima, o parâmetro “mdrun_mpi” é o executável do Gromacs que vai ser utilizado, o “teste.tpr” é o arquivo de entrada que contém os parâmetros para serem calculados, e os parâmetros “teste” e “teste.cpt” são referentes aos aquivos de saída.

Quando é utilizado dois comandos do gromacs no mesmo arquivo .srm, é recomendado que somente o primeiro comando tenha o termo “_mpi”, conforme é mostrado no exemplo abaixo:

srun --resv-ports gmx_mpi mdrun -s teste.tpr -v -deffnm teste -cpi teste.cpt -noappend

Documentação