Namd 2.9

Descrição

NAMD, ganhador do Prêmio Gordon Bell de 2002, é um código de dinâmica molecular paralelo projetado para simulação de alto desempenho de grandes sistemas biomoleculares.

Utilização

Este exemplo de execução do NAMD utiliza paralelização via OpenMPI, dessa forma, é recomendado que o arquivo .srm tenha os seguintes parâmetros para a submissão do job, substituindo:

• entrada.conf pelo nome do seu arquivo de entrada;
• saida.out pelo nome do seu arquivo de saída;
• --ntasks=24 pela quantidade de cores utilizado (nesse exemplo 24).

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=NAMD				# Nome do job
#SBATCH --partition=medium			# Fila (medium/long/gpu)
#SBATCH --ntasks=24					# Número cores

# Arquivo de entrada
ARQINP="entrada.conf"
# Arquivo de saída
ARQOUT="saida.out"

# Nó de execução
echo "Nó(s) de Execução ${SLURM_JOB_NODELIST}"

# Diretório de execução
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
echo "Diretório de Execução: $SLURM_SUBMIT_DIR"
echo "Entrada: $ARQINP"

echo "Iniciando NAMD - " `date`
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} namd2 ${ARQINP} > ${ARQOUT}

echo "Job Concluído - " `date`