Autodock Vina

Descrição

AutoDock Vina é um programa de código aberto para fazer docking molecular. Ele foi projetado e implementado pelo Dr. Oleg Trott no Molecular Graphics Lab no The Scripps Research Institute.

Utilização

O software Autodock Vina não está paralelizando o processamento quando um job é submetido para mais de um nó de processamento, porém está paralelizando em um único nó. Dessa forma, é recomendado que o arquivo .srm tenha os seguintes parâmetros para a submissão do job:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=VSD_ProTxII      # Nome do job
#SBATCH --partition=medium          # Fila (medium/long/gpu)
#SBATCH --ntasks=12                 # Número de processos
 
# Arquivo de entrada do
INPFILE=entrada.txt
# Arquivo de saida
OUTFILE=saída.log
 
# Nó de execução
echo "Nó de Execução ${SLURM_JOB_NODELIST}"
 
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
ulimit -s unlimited
 
# Diretório de execução
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
echo "Diretório de Execução: $SLURM_SUBMIT_DIR"
echo "Entrada: $ARQINP"
 
echo "Iniciando Autodock Vina - " `date`
vina --config ${INPFILE} > ${OUTFILE}
 
echo "Job Concluído - " `date`

De acordo com o exemplo acima, o parâmetro “vina” é o executável do AutodockVina, o “entrada.txt” é o arquivo de entrada que contém os parâmetros para serem calculados.

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