Autodock 4.2

Descrição

AutoDock é um software de simulação de modelagem molecular. É especialmente eficaz para docagem de proteína-ligando.

Utilização

O autodock 4.2 só utiliza um núcleo por vez. Dessa forma, é recomendado que o arquivo .srm tenha os seguintes parâmetros para a submissão do job:

#!/bin/bash
#SBATCH -J Autodock        # Nome do job
#SBATCH -p medium          # Fila (medium/long/gpu)
#SBATCH -n 12              # Numero de processos MPI (threads)

ulimit -s unlimited
ulimit -a

autodock4 -p teste.dpf -l teste.dlg

De acordo com o exemplo acima, o parâmetro “autodock4 ” é o executável do Autodock 4.2, o “tteste.dpf” é o arquivo de entrada que contém os parâmetros para serem calculados.