Ambiente do usuário

Este é o Guia do Usuário CENAPAD-UFC. Ele contém as principais informações que o usuário precisa para utilizar os recursos do ambiente. Para acessar o conteúdo completo, é necessário estar logado em nossa plataforma.

• Política de Uso de Recursos

Apollo – Guia do Usuário

Cluster Apollo: ambiente multiusuário com nós de computação para CPUs e GPUs. Abaixo, algumas configurações:

• apollo: headnode – 32 cores, 256 GB RAM
• apollo01[1-6]: compute-nodes CPU – 256 cores, 512 GB RAM
• gpu01: compute-node GPU – 128 cores, 512 GB RAM, 2x GPU A100 (80GB)

⚠️ O nó apollo é destinado apenas a comandos simples. Use o SLURM para processamento (batch ou interativo).

Formas de Acesso:

• Interno (UFC): acesso direto via SSH:

  ssh usuario@apollo.cenapad.ufc.br

• Externo: via Teleport: tp.cenapad.ufc.br

É necessário autenticação em duas etapas (2FA) com Authy, Google Authenticator ou Microsoft Authenticator.

⚠️ O link de autenticação via Teleport tem validade de apenas 1 hora.

Sistema de Fila (SLURM):

O gerenciamento de jobs é feito com SLURM. Principais comandos:

Comando	Exemplo	Descrição
sbatch	sbatch script.sh	submete um job
squeue	squeue -l	status dos jobs
scancel	scancel 12345	cancela um job
sinfo	sinfo -Nl	ver recursos
salloc	salloc	job interativo

✅ Filas disponíveis:

• cpuq: apenas CPUs
• gpuq: CPUs + GPUs

Ambiente de Módulos:

Use module avail para ver os softwares. Exemplo:

module avail
module load python/3.13.0-q42rchh
module list
module purge

Softwares Mais Usados:

Estes são os softwares mais utilizados no Cluster Apollo, considerando o uso intensivo pelos usuários e disponibilidade em containers:

• Gromacs 2023 – Simulação de dinâmica molecular (gromacs_2023.2.sif)
• TensorFlow 25.02 – Machine Learning com suporte a GPU (tensorflow_25.02-tf2-py3.sif)
• PyTorch 25.03 – Deep Learning com CUDA (pytorch_25.03-py3.sif)
• Quantum Espresso 7.3.1 – Estrutura eletrônica de materiais (quantum_espresso_qe-7.3.1.sif)
• LAMMPS – Simulação de materiais e sistemas moleculares (lammps_patch_15Jun2023.sif)
• NAMD 3.0.1 – Simulação biomolecular em larga escala (namd_3.0.1.sif)
• Autodock 2020.06 – Docking molecular (autodock_2020.06.sif)

ℹ️ Se o software desejado não estiver na lista, solicite sua instalação ao registrar seu projeto. Deve ser compatível com Rocky Linux 9.5 (Blue Onyx).

Containers:

Use apptainer (ex-Singularity) para execução de containers. Exemplos:

apptainer pull docker://ubuntu:latest
ls
apptainer pull docker://nvcr.io/nvidia/pytorch:24.09-py3

📦 Containers comuns estão no diretório /softwares/containers. Evite múltiplas cópias e use diretórios compartilhados sempre que possível.